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研究業績

原著論文（Original papers）

  1. Horiuchi R, Kamimura A, Hanaki Y, Matsumoto H, Ueda M, Higaki T (2024) Deep learning-based cytoskeleton segmentation for accurate high-throughput measurement of cytoskeleton density. Protoplasma in press. https://doi.org/10.1007/s00709-024-02019-9
  2. Hitora Y, Hokaguchi M, Sadahiro Y, Higaki T, Tsukamoto S (2024) Machine learning accelerates screening of osteoclast differentiation inhibitors from natural products. J Nat Prod. 87: 2393–2397. https://doi.org/10.1021/acs.jnatprod.4c00640
  3. Notaguchi M, Ichita M, Kawasoe T, Monda K, Kurotani K, Higaki T, Iba K, Hashimoto-Sugimoto M (2024) The PATROL1 function in roots contributes to the increase in shoot biomass. Planta 260: 105. (Published: 26 Sep 2024) https://doi.org/10.1007/s00425-024-04526-8
  4. Tanaka S, Matsushita Y, Hanaki Y, Higaki T, Kamamoto N, Matsushita K, Higashiyama T, Fujimoto K, Ueda M (2024) HD-ZIP IV genes are essential for embryo initial cell polarization and the radial axis formation in Arabidopsis. Curr Biol 34: 4639–4649. (Published: 19 Sep 2024) https://doi.org/10.1016/j.cub.2024.08.038
  5. Machfuudzoh A, Pitaksaringkarn W, Koshiba R, Higaki T, Rakwal R, Ohba Y, Asahina M, Satoh S, Iwai H (2024) At2-MMP is required for attenuation of cell proliferation during wound healing in incised Arabidopsis inflorescence stems. Plant Cell Physiol 65: 1821–1832. (Published: 13 Sep 2024) https://10.1093/pcp/pcae103
  6. Ezaki K, Koga H, Takeda-Kamiya N, Toyooka K, Higaki T, Sakamoto S, Tsukaya H (2024) Precocious cell differentiation occurs in proliferating cells in leaf primordia in Arabidopsis angustifolia3 mutant. Front Plant Sci 15: 1322223. (Published: 16 Apr 2024) https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1322223
  7. Hitora Y, El-Desoky AH, Sadahiro Y, Sejiyama A, Kinoshita A, Ise Y, Angkouw ED, Mangindaan REP, Higaki T, Tsukamoto S (2024) Neopetromin, a cyclic tripeptide with a C-N cross-link, from the marine sponge Neopetrosia sp., that causes vacuole fragmentation in tobacco BY-2 cells. J Nat Prod. 87: 1197–1202. (Published: 19 Mar 2024) https://doi.org/10.1021/acs.jnatprod.4c00158
  8. Hiromoto Y, Minamino N, Kikuchi S, Kimata Y, Matsumoto H, Nakagawa S, Ueda M, Higaki T (2023) Comprehensive and quantitative analysis of intracellular structure polarization at the apical-basal axis in elongating Arabidopsis zygotes. Sci Rep 13: 22879. (Published: 18 Dec 2023) https://doi.org/10.1038/s41598-023-50020-8
  9. Kikukawa K, Takigawa-Imamura H, Soga K, Kotake T, Higaki T (2023) Smooth elongation of pavement cells induced by RIC1 overexpression leads to marginal protrusions of the cotyledon in Arabidopsis thaliana. Plant Cell Physiol 64: 1356–1371. (Published: 18 Sep) https://doi.org/10.1093/pcp/pcad094
  10. Hirano T, Ebine K, Ueda T, Higaki T, Watanabe-Nakayama T, Konno H, Takigawa-Imamura H, Sato MH (2023) The SYP123-VAMP727 SNARE complex delivers secondary cell wall components for root hair shank hardening in Arabidopsis. Plant Cell 35: 4347–4365. (Published: 15 Sep 2023) https://doi.org/10.1093/plcell/koad240
  11. Yue Y, Hotta T, Higaki T, Verhey KJ, Ohi R (2023) Microtubule detyrosination by VASH1/SVBP is regulated by the conformational state of tubulin in the lattice. Curr Biol 33: 4111–412. (Published: 15 Sep 2023) https://doi.org/10.1016/j.cub.2023.07.062
  12. Matsumoto T, Higaki T, Takatsuka H, Kutsuna N, Ogata Y, Hasezawa S, Umeda M, Inada N (2023) Arabidopsis thaliana subclass I ACTIN DEPOLYMERIZING FACTORs regulate nuclear organization and gene expression. Plant Cell Physiol 64: 1231–1242. (Published: 18 Aug 2023) https://doi.org/10.1093/pcp/pcad092
  13. Nishimura T, Mori S, Shikata H, Nakamura M, Hashiguchi Y, Abe Y, Hagihara T, Yoshikawa HY, Toyota M, Higaki T, Morita MT (2023) Cell polarity linked to gravity sensing is generated by protein translocation from statoliths to the plasma membrane. Science. 381: 1006–1010. (Published: 11 Aug 2023) https://doi.org/10.1126/science.adh9978
  14. Wint H, Li J, Abe T, Yamada H, Higaki T, Nasu Y, Watanabe M, Takei K, Takeda T (2023) Pacsin 2-dependent N-cadherin internalization regulates the migration behaviour of malignant cancer cells. J Cell Sci. 136: jcs260827. (Published: 3 May 2023) https://doi.org/10.1242/jcs.260827
  15. Hirano T, Okamoto A, Oda Y, Sakamoto T, Takeda S, Matsuura T, Ikeda Y, Higaki T, Kimura S, Sato MH (2023) Ab-GALFA, A bioassay for insect gall formation using the model plant Arabidopsis thaliana. Sci Rep. 13:2554. (Published: 13 February 2023) https://doi.org/10.1038/s41598-023-29302-8
  16. Morotomi-Yano K, Hiromoto Y, Higaki T, Yano KI (2022) Disease-associated H58Y mutation affects the nuclear dynamics of human DNA topoisomerase IIβ. Sci Rep 12: 20627. (Published: 30 November 2022)  https://doi.org/10.1038/s41598-022-24883-2
  17. Yoshida D, Akita K, Higaki T (2022) Machine learning and feature analysis of the cortical microtubule organization of Arabidopsis cotyledon pavement cells. Protoplasma 260: 987-998. (Published: 11 October 2022) https://doi.org/10.1007/s00709-022-01813-7
  18. Hotta T, McAlear TS, Yue Y, Higaki T, Haynes SE, Nesvizhskii AI, Sept D, Verhey KJ, Bechstedt S, Ohi R (2022) EML2-S constitutes a new class of proteins that recognizes and regulates the dynamics of tyrosinated microtubules. Curr Biol 32: 3898-3910. (Published: 12 August 2022) https://doi.org/10.1016/j.cub.2022.07.027
  19. Takihara Y, Higaki T, Yokomizo T, Umemoto T, Ariyoshi K, Hashimoto M, Sezaki M, Takizawa H, Inoue T, Suda T, Mizuno H (2022) Bone marrow imaging reveals the migration dynamics of neonatal hematopoietic stem cells. Commun Biol 5: 776. (Published: 02 August 2022) https://doi.org/10.1038/s42003-022-03733-x
  20. Sakamoto T, Sakamoto Y, Grob S, Slane D, Yamashita T, Ito N, Oko Y, Sugiyama T, Higaki T, Hasezawa S, Tanaka M, Matsui A, Seki M, Suzuki T, Grossniklaus U, Matsunaga S (2022) Two-step regulation of centromere distribution by condensin II and the nuclear envelope proteins. Nat Plants 8: 940–953. (Published: 01 August 2022) https://doi.org/10.1038/s41477-022-01200-3
  21. Hotta T, Lee YR, Higaki T, Hashimoto T, Liu B (2022) Two Kinesin-14A motors oligomerize to drive poleward microtubule convergence for acentrosomal spindle morphogenesis in Arabidopsis thaliana. Front Cell Dev Biol. 10:949345. (Published: 22 July 2022) https://doi.org/10.3389/fcell.2022.949345 
  22. Sakai Y, Higaki T, Ishizaki K, Nishihama R, Kohchi T, Hasezawa S (2022) Migration of prospindle before the first asymmetric division in germinating spore of Marchantia polymorpha. Plant Biotech 39: 5-12. (Published: 25 Mar 2022) https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.21.1217b
  23. Okubo-Kurihara E, Ali A, Hiramoto M, Kurihara Y, Abouleila Y, Abdelazem EM, Kawai T, Makita Y, Kawashima M, Esaki T, Shimada H, Mori T, Hirai MY, Higaki T, Hasezawa S, Shimizu Y, Masujima T, Matsui M (2022) Tracking metabolites at single-cell resolution reveals metabolic dynamics during plant mitosis. Plant Physiol 189: 459-464. (Published: 18 Mar 2022) https://doi.org/10.1093/plphys/kiac093
  24. Suzuki R, Yamada M, Higaki T, Aida M, Kubo M, Tsai AY, Sawa S (2021) PUCHI regulates giant cell morphology during root-knot nematode infection in Arabidopsis thaliana. Front Plant Sci 12: 755610. (Published: 06 Oct 2021) https://doi.org/10.3389/fpls.2021.755610
  25. Kikukawa K, Yoshimura K, Watanabe A, Higaki T (2021) Metal-nano-ink coating for monitoring and quantification of cotyledon epidermal cell morphogenesis. Front Plant Sci 12: 745980. (Published: 21 Sep 2021) https://doi.org/10.3389/fpls.2021.745980
  26. Kamon E, Noda C, Higaki T, Demura T, Ohtani M (2021) Calcium signaling contributes to xylem vessel cell differentiation via post-transcriptional regulation of VND7 downstream events. Plant Biotech 38: 331-337 (Published: 18 Sep 2021) https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.21.0519a
  27. Fujihara R, Uchida N, Tameshige T, Kawamoto N, Hotokezaka Y, Higaki T, Simon R, Torii KU, Tasaka M, Aida M (2021) The boundary-expressed EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-LIKE2 gene encoding a signaling peptide promotes cotyledon growth during Arabidopsis thaliana embryogenesis. Plant Biotech 38: 317-322. (Published: 18 Sep 2021) https://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.21.0508a
  28. Sato F, Iba K, Higaki T (2021) Involvement of the membrane trafficking factor PATROL1 in the salinity stress tolerance of Arabidopsis thaliana. Cytologia 86: 119-126. (Published: 25 June 2021) https://doi.org/10.1508/cytologia.86.119
  29. Higaki T, Sato F, Iba K (2021) Environmental responses of the membrane trafficking factor PATROL1 in the Arabidopsis stomatal complex. Cytologia 86: 101-102. (Published: 25 June 2021) https://doi.org/10.1508/cytologia.86.102
  30. Kimura T, Haga K, Nomura Y, Higaki T, Nakagami H, Sakai T (2021) Phosphorylation of NONPHOTOTROPIC HYPOCOTYL3 affects photosensory adaptation during the phototropic response. Plant Physiol 187: 981–995. (Published: 17 June 2021) https://doi.org/10.1093/plphys/kiab281
  31. Matsumoto H, Kimata Y, Higaki T, Higashiyama T, Ueda M (2021) Dynamic rearrangement and directional migration of tubular vacuoles are required for the asymmetric division of the Arabidopsis zygote. Plant Cell Physiol 62: 1280–1289. (Published: 02 Jun 2021) https://doi.org/10.1093/pcp/pcab075
  32. Kunita I, Morita MT, Toda M, Higaki T (2021) A three-dimensional scanning system for digital archiving and quantitative evaluation of Arabidopsis plant architectures. Plant Cell Physiol 62: 1975-1982. (Published: 22 May 2021) https://doi.org/10.1093/pcp/pcab068
  33. Ishida T, Yoshimura H, Takekawa M, Higaki T, Ideue T, Hatano M, Igarashi M, Tani T, Sawa S, Ishikawa H (2021) Discovery, characterization and functional improvement of kumamonamide as a novel plant growth inhibitor that disturbs plant microtubules. Sci Rep 23: 6077. (Published: 23 Mar 2021) http://doi.org/10.1038/s41598-021-85501-1
  34. Maeda K, Higaki T (2021) Disruption of actin filaments delays accumulation of cell plate membranes after chromosome separation. Plant Sig Behav 16: 1873586. (Published: 11 Jan 2021) https://doi.org/10.1080/15592324.2021.1873586
  35. Higaki T, Akita K, Katoh K (2020) Coefficient of variation as an image-intensity metric for cytoskeleton bundling. Sci Rep 10: 22187. (Published: 21 Dec 2020) https://doi.org/10.1038/s41598-020-79136-x
  36. Lu YJ, Li P, Shimono M, Corrion A, Higaki T, He SY, Day B (2020) Arabidopsis calcium-dependent protein kinase 3 regulates actin cytoskeleton organization and immunity. Nat Commun 11:6234. (Published: 04 Dec 2020) https://doi.org/10.1038/s41467-020-20007-4
  37. Kimata Y, Higaki T, Kurihara D, Ando N, Matsumoto H, Higashiyama T, Ueda M (2020) Mitochondrial dynamics and segregation during the asymmetric division of Arabidopsis zygotes. Quant Plant Biol 1: e3. (Published: 30 Nov 2020) https://doi.org/10.1017/qpb.2020.4
  38. Higaki T, Mizuno H (2020) Four-dimensional imaging with virtual reality to quantitatively explore jigsaw puzzle-like morphogenesis of Arabidopsis cotyledon pavement cells. Plant Biotech 37: 429-435. (Published: 05 Sep 2020) http://doi.org/10.5511/plantbiotechnology.20.0605a
  39. Yoshimi Y, Hara K, Yoshimura M, Tanaka N, Higaki T, Tsumuraya Y, Kotake T (2020) Expresion of a fungal exo-β-1,3-galactanase in Arabidopsis reveals a role of type II arabinogalactans in the regulation of cell shape. J Exp Bot 71: 5414-5424. (Published: 29 May 2020) https://doi.org/10.1093/jxb/eraa236
  40. Higaki T, Akita K, Hasezawa S (2020) Elevated CO2 promotes satellite stomata production in young cotyledons of Arabidopsis thaliana. Genes Cells 25: 475-482. (Published: 15 Apr 2020) https://doi.org/10.1111/gtc.12773
  41. Kwon SH, Wi T, Park YI, Kim MW, Lee G, Higaki T, Choi JH, Lee R (2020) Non-invasive early detection of calpain 2-enriched non-small cell lung cancer using a human serum albumin-bounded calpain 2 nanosensor. Bioconjug Chem 31: 803-812. (Published: 18 Feb 2020) https://doi.org/10.1021/acs.bioconjchem.9b00870
  42. Maeda K, Sasabe M, Hanamata S, Machida Y, Hasezawa S, Higaki T (2020) Actin filament disruption alters phragmoplast microtubule dynamics during the initial phase of plant cytokinesis. Plant Cell Physiol 61: 445-456. (Published: 07 Feb 2020) https://doi.org/10.1093/pcp/pcaa003
  43. Hirai R, Higaki T, Takenaka Y, Sakamoto Y, Hasegawa J, Matsunaga S, Demura T, Ohtani M (2020) The progression of xylem vessel cell differentiation is dependent on the activity level of VND7 in Arabidopsis thaliana. Plants 9: 39. (Published: 25 Dec 2019) https://doi.org/10.3390/plants9010039
  44. Wong JH, Kato T, Belteton S, Shimizu R, Kinoshita N, Higaki T, Sakumura Y, Szymanski DB, Hashimoto T (2019) Basic proline-rich protein-mediated microtubules are essential for lobe growth and flattened cell geometry. Plant Physiol 181: 1535-1551. (Published: 25 Nov 2019) https://doi.org/10.1104/pp.19.00811
  45. Akita K, Higaki T (2019) An induction system for clustered stomata by sugar solution immersion treatment in Arabidopsis thaliana seedlings. J Vis Exp 144: e58951. (Published: 15 Feb 2019) http://doi.org/10.3791/58951
  46. Nagashima A, Higaki T, Koeduka T, Ishigami K, Hosokawa S, Watanabe H, Matsui K, Hasezawa S, Touhara K (2019) Transcriptional regulators involved in responses to volatile organic compounds in plants. J Biol Chem 294: 2256-2266. (Published: 15 Feb 2019) http://doi.org/10.1074/jbc.RA118.005843
  47. Kimata Y, Kato T, Higaki T, Kurihara D, Yamada T, Segami S, Morita MT, Maeshima M, Hasezawa S, Higashiyama T, Tasaka M, Ueda M (2019) Polar vacuolar distribution is essential for accurate asymmetric division of Arabidopsis zygotes. Proc Natl Acad Sci U S A 116: 2338-2343. (Published: 05 Feb 2019) https://doi.org/10.1073/pnas.1814160116
  48. Miyoshi S, Kimura S, Ootsuki R, Higaki T, Nakamasu A (2019) Developmental analyses of divarications in leaves of an aquatic fern Microsorum pteropus and its varieties. PLOS One 14: e0210141. (Published: 25 Jan 2019) http://doi.org/10.1371/journal.pone.0210141
  49. Tanaka M, Fujii Y, Hirano K, Higaki T, Nagasaki A, Ishikawa R, Okajima T, Katoh K (2019) Fascin in lamellipodia contributes to cell elasticity by controlling the orientation of filamentous actin. Genes Cells 24: 202-213. (Published: 21 Jan 2019) https://doi.org/10.1111/gtc.12671
  50. Yi-Lun Tsai A, Higaki T, Nguyen CN, Perfus-Barbeoch L, Favery B, Sawa S (2018) Regulation of root-knot nematode behavior by seed coat mucilage-derived attractants. Mol Plant 12: 99-112. (Published: 28 Nov 2018) https://doi.org/10.1016/j.molp.2018.11.008
  51. Takatsuka H, Higaki T, Umeda M (2018) Actin reorganization triggers rapid cell elongation in Arabidopsis roots. Plant Physiol 178: 1130-1141. (Published: 13 Nov 2018) http://doi.org/10.1104/pp.18.00557
  52. Hirano T, Konno H, Takeda S, Dolan L, Kato M, Aoyama T, Higaki T, Takigawa-Imamura H, Sato MH (2018) PtdIns(3,5)P2 mediates root hair shank hardening in Arabidopsis. Nat Plants 4: 888-897. (Published: 02 Nov 2018) http://doi.org/10.1038/s41477-018-0277-8.
  53. Hirakawa Y, Hasezawa S, Higaki T (2018) Reactive oxygen species production and stimulated endocytosis in tobacco BY-2 cells treated with Erwinia carotovora culture filtrate. Cytologia 83: 289-293. (Published: 25 Sep 2018) https://doi.org/10.1508/cytologia.83.289
  54. Akita K, Hasezawa S, Higaki T (2018) Cortical microtubules and fusicoccin response in clustered stomatal guard cells induced by sucrose solution immersion. Plant Sig Behav 13: 1454815. (Published: 01 May 2018) https://doi.org/10.1080/15592324.2018.1454815
  55. Dou L, He K, Higaki T, Wang X, Mao T (2018) Ethylene signaling modulates cortical microtubule reassembly in response to salt stress. Plant Physiol 176: 2071-2081. (Published: 05 Feb 2018) https://doi.org/10.1104/pp.17.01124
  56. Kuki H, Higaki T, Yokoyama R, Kuroha T, Shinohara N, Hasezawa S, Nishitani K (2017) Quantitative confocal imaging method for analyzing cellulose dynamics during cell wall regeneration in Arabidopsis mesophyll protoplasts. Plant Direct e00021. (Published: 27 Dec 2017) https://doi.org/10.1002/pld3.21
  57. Takahashi S, Monda K, Higaki T, Hashimoto-Sugimoto M, Negi J, Hasezawa S, Iba K (2017) Differential effects of phosphatidylinositol 4-Kinase (PI4K) and 3-Kinase (PI3K) inhibitors on stomatal responses to environmental signals. Front Plant Sci 8: 677. (Published: 01 May 2017) http://doi.org/10.3389/fpls.2017.00677
  58. Fukunaga H, Arita T, Higaki T, Sawa S (2017) A new form of Gastrodia pubilabiata (Orchidaceae). Acta Phytotax et Geobot 68: 45-52. (Published: 28 Feb 2017) https://doi.org/10.18942/apg.201613
  59. Higaki T, Takigawa-Imamura H, Akita K, Kutsuna N, Kobayashi R, Hasezawa S, Miura T (2017) Exogenous cellulase switches cell interdigitation to cell elongation in a RIC1-dependent manner in Arabidopsis thaliana cotyledon pavement cells. Plant Cell Physiol 58: 106-119. (Published: 23 Dec 2016) http://doi.org/10.1093/pcp/pcw183
  60. Takahashi M, Umetsu K, Oono Y, Higaki T, Blancaflor E, Rahman A (2017) SMALL ACIDIC PROTEIN 1 (SMAP1) and SCFTIR1 ubiquitin proteasome pathway act in concert to induce 2,4-dichlorophenoxyacetic acid-mediated alteration of actin in Arabidopsis roots. Plant J 89: 940-956. (Published: 25 Nov 2016) http://doi.org/10.1111/tpj.13433
  61. Kimata Y, Higaki T, Kawashima T, Kurihara D, Sato Y, Yamada T, Hasezawa S, Berger F, Higashiyama T, Ueda M (2016) Cytoskeleton dynamics control the first asymmetric cell division in Arabidopsis zygote. Proc Natl Acad Sci U S A 113: 14157-14162. (Published: 22 Nov 2016) http://doi.org/10.1073/pnas.1613979113
  62. Shimono M, Higaki T, Kaku H, Shibuya N, Hasezawa S, Day B (2016) Quantitative evaluation of stomatal cytoskeletal patterns during the activation of immune signaling in Arabidopsis thaliana. PLOS One 11: e0159291. (Published: 14 Jul 2016) http://doi.org/10.1371/journal.pone.0159291
  63. Higaki T, Kutsuna N, Akita K, Takigawa-Imamura H, Yoshimura K, Miura T (2016) A theoretical model of jigsaw-puzzle pattern formation by plant leaf epidermal cells. PLOS Comput Biol 12: e1004833. (Published: 07 Apr 2016) http://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004833
  64. Hashimoto-Sugimoto M, Negi J, Monda K, Higaki T, Isogai Y, Nakano T, Hasezawa S, Iba K (2016) Dominant and recessive mutations in the Raf-like kinase HT1 gene completely disrupt the stomatal responses to CO2. J Exp Bot 67: 3251-3261. (Published: 31 Mar 2016) http://doi.org/10.1093/jxb/erw134
  65. Akita K, Kobayashi M, Sato M, Kutsuna N, Ueda T, Toyooka K, Nagata N, Hasezawa S, Higaki T (2017) Cell wall accumulation of fluorescent proteins derived from a trans-Golgi cisternal membrane marker and paramural bodies in interdigitated Arabidopsis leaf epidermal cells. Protoplasma 254: 367-377. (Published: 09 Mar 2016) http://doi.org/10.1007/s00709-016-0955-1
  66. Inada N, Higaki T, Hasezawa S (2016) Nuclear function of subclass I actin depolymerizing factor contributes to susceptibility in Arabidopsis to an adapted powdery mildew fungus. Plant Physiol 170: 1420-1434. (Published: 08 Jan 2016) http://doi.org/10.1104/pp.15.01265
  67. Inada N, Higaki T, Hasezawa S (2016) Quantitative analyses on dynamic changes in the organization of host Arabidopsis thaliana actin microfilaments surrounding the infection organ of the powdery mildew fungus Golovinomyces orontii. J Plant Res 129: 103-110. (Published: 08 Dec 2015) http://doi.org/10.1007/s10265-015-0769-9
  68. Akita K, Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S (2015) Quantitative analysis of microtubule orientation in interdigitated leaf pavement cells. Plant Signal Behav 10: e1024396. (Published: 03 Jun 2015) http://doi.org/10.1080/15592324.2015.1024396
  69. Hirakawa Y, Nomura T, Hasezawa S, Higaki T (2015) Simplification of vacuole structure during plant cell death triggered by culture filtrates of Erwinia carotovora. J Integr Plant Biol 57: 127-135. (Published: 31 Oct 2014) http://doi.org/10.1111/jipb.12304
  70. Higaki T, Kutsuna N, Akita K, Sato M, Sawaki F, Kobayashi M, Nagata N, Toyooka K, Hasezawa S (2015) Semi-automatic organelle detection on transmission electron microscopic images. Sci Rep 5: 7794. (Published: 15 Jan 2015) http://doi.org/10.1038/srep07794
  71. Higaki T, Kato A, Myouga F, Kutsuna N, Hasezawa S, Nagata N (2014) Automatic classification of chloroplast ultrastructure mutants with transmission electron microscopy. Bioimages 22: 1-7. (J-stage Released: 30 Jun  2015)  https://doi.org/10.11169/bioimages.22.1
  72. Hasegawa J, Higaki T, Hamamura Y, Kurihara D, Kutsuna N, Higashiyama T, Hasezawa S, Matsunaga S (2014) Increase in invaginated vacuolar membrane structure caused by plant cell expansion by genotoxic stress induced by DNA double-strand breaks. Cytologia 79: 467-474. (Published: 25 Dec 2014) https://doi.org/10.1508/cytologia.79.467
  73. Toyooka K, Sato M, Kutsuna N, Higaki T, Sawaki F, Wakazaki M, Goto Y, Hasezawa S, Nagata N, Matsuoka K (2014) Wide-range high-resolution transmission electron microscopy reveals morphological and distributional changes of endomembrane compartments during log-to-stationary transition of growth phase in tobacco BY-2 cells. Plant Cell Physiol 55: 1544-1555. (Published: 13 Jun 2014) http://doi.org/10.1093/pcp/pcu084
  74. Higaki T, Higaki S, Hirota M, Hasezawa S (2014) Radiocesium distribution in bamboo shoots after the Fukushima nuclear accident. PLOS One 9: e97659. (Published: 15 May 2014) http://doi.org/10.1371/journal.pone.0097659
  75. Hirota M, Higaki S, Higaki T, Hasezawa S (2013) Investigation of contamination in spinach collected immediately following the Fukushima Daiichi nuclear disaster. Rad Safe Manager 12: 43-47. (J-stage Released: 19 Dec 2013) https://doi.org/10.12950/rsm.12.43
  76. Higaki T, Hashimoto-Sugimoto M, Akita K, Iba K, Hasezawa S (2014) Dynamics and environmental responses of PATROL1 in Arabidopsis subsidiary cells. Plant Cell Physiol 55: 773-780. (Published: 07 Nov 2013) http://doi.org/10.1093/pcp/pct151
  77. Akita K, Hasezawa S, Higaki T (2013) Breaking of the plant stomatal one-cell-spacing rule by sugar solution immersion. PLOS One 8: e72456. (Published: 11 Sep 2013) http://doi.org/10.1371/journal.pone.0072456
  78. Hashimoto-Sugimoto M, Higaki T, Yaeno T, Nagami A, Irie M, Fujimi M, Miyamoto M, Akita K, Negi J, Shirasu K, Hasezawa S, Iba K (2013) A Munc13-like protein in Arabidopsis mediates H+-ATPase translocation that is essential for stomatal responses. Nat Commun 4: 2215. (Published: 30 Jul 2013) http://doi.org/10.1038/ncomms3215
  79. Kojo KH, Higaki T, Kutsuna N, Yoshida Y, Yasuhara H, Hasezawa S (2013) Roles of cortical actin microfilament patterning in division plane orientation in plants. Plant Cell Physiol 54: 1491-1503. (Published: 27 Jul 2013) http://doi.org/10.1093/pcp/pct093
  80. Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S (2013) LIPS database with LIPService: a microscopic image database of intracellular structures in Arabidopsis guard cells. BMC Plant Biol 13: 81. (Published: 16 May 2013) http://doi.org/10.1186/1471-2229-13-81
  81. Kutsuna N*, Higaki T*, Matsunaga S*, Otsuki T, Yamaguchi M, Fujii H, Hasezawa S (2012) Active learning framework with iterative clustering for bioimage classification. Nat Commun 3: 1032. (*equal contribution) (Published: 28 Aug 2012) http://doi.org/10.1038/ncomms2030
  82. Era A, Kutsuna N, Higaki T, Hasezawa S, Nakano A, Ueda T (2013) Microtubule stability affects the unique motility of F-actin in Marchantia polymorpha. J Plant Res 126: 113-119. (Published: 08 Jun 2012) http://doi.org/10.1007/s10265-012-0496-4
  83. Higaki T, Kutsuna N, Hosokawa Y, Akita K, Ebine K, Ueda T, Kondo N, Hasezawa S (2012) Statistical organelle dissection of Arabidopsis guard cells using image database LIPS. Sci Rep 2: 405. (Published: 11 May 2012) http://doi.org/10.1038/srep00405
  84. Higaki T, Higaki S, Hirota M, Akita K, Hasezawa S (2012) Radionuclide analysis on bamboos following the Fukushima nuclear accident. PLOS One 7: e34766. (Published: 04 Apr 2012) http://doi.org/10.1371/journal.pone.0034766
  85. Okubo-Kurihara E, Higaki T, Kurihara Y, Kutsuna N, Yamaguchi J, Hasezawa S (2010) Sucrose transporter NtSUT4 from tobacco BY-2 involved in plant cell shape during miniprotoplast culture. J Plant Res 124: 395-403. (Published: 13 Oct 2010) http://doi.org/10.1007/s10265-010-0377-7
  86. Yoneda A, Ito T, Higaki T, Kutsuna N, Saito T, Ishimizu T, Osada H, Hasezawa S, Matsui M, Demura T (2010) Cobtorin target analysis reveals that pectin functions in the deposition of cellulose microfibrils in parallel with cortical microtubules. Plant J 64: 657-667. (Published: 15 September 2010) http://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2010.04356.x
  87. Higaki T, Kutsuna N, Sano T, Kondo N, Hasezawa S (2010) Quantification and cluster analysis of actin cytoskeletal structures in plant cells: role of actin bundling in stomatal movement during diurnal cycles in Arabidopsis guard cells. Plant J 61: 156-165. (Published: 18 Dec 2009) http://doi.org/10.1111/j.1365-313x.2009.04032.x
  88. Nagano AJ, Maekawa A, Nakano RT, Miyahara M, Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S, Hara-Nishimura I (2009) Quantitative analysis of ER body morphology in an Arabidopsis mutant. Plant Cell Physiol 50: 2015-2022. (Published: 24 Sep 2009) http://doi.org/10.1093/pcp/pcp157
  89. Okubo-Kurihara E, Sano T, Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S (2009) Acceleration of vacuolar regeneration and cell growth by overexpression of an aquaporin NtTIP1;1 in tobacco BY-2 cells. Plant Cell Physiol 50: 151-160. (Published: 27 Nov 2008) http://doi.org/10.1093/pcp/pcn181
  90. Higaki T, Kadota Y, Goh T, Hayashi T, Kutsuna N, Sano T, Hasezawa S, Kuchitsu K (2008) Vacuolar and cytoskeletal dynamics during elicitor-induced programmed cell death in tobacco BY-2 cells. Plant Sig Behav 3: 700-703. (Published: 01 Sep 2008) http://doi.org/10.4161/psb.3.9.6431
  91. Higaki T, Kutsuna N, Sano T, Hasezawa S (2008) Quantitative analysis of changes in actin microfilament contribution to cell plate development in plant cytokinesis. BMC Plant Biol 8: 80. (Published: 17 Jul 2008) http://doi.org/10.1186/1471-2229-8-80
  92. Higaki T, Goh T, Hayashi T, Kutsuna N, Kadota Y, Hasezawa S, Sano T, Kuchitsu K (2007) Elicitor-induced cytoskeletal rearrangement relates to vacuolar dynamics and execution of cell death: in vivo imaging of hypersensitive cell death in tobacco BY-2 cells. Plant Cell Physiol 48: 1414-1425. (Published: 01 Oct 2007) http://doi.org/10.1093/pcp/pcm109
  93. Yoneda A, Higaki T, Kutsuna N, Kondo Y, Osada H, Hasezawa S, Matsui M (2007) Chemical genetic screening identifies a novel inhibitor of parallel alignment of cortical microtubules and cellulose microfibrils. Plant Cell Physiol 48: 1393-1403. (Published: 01 Oct 2007) http://doi.org/10.1093/pcp/pcm120
  94. Gambe AG, Maniwa R, Matsunaga S, Kutsuna N, Higaki T, Higashi T, Hasezawa S, Uchiyama S, Fukui K (2007) Development of a multistage classifier for a monitoring system of cell activity based on imaging of chromosomal dynamics. Cytometry A 71: 286-296. (Published: 12 Mar 2007) http://doi.org/10.1002/cyto.a.20378
  95. Higaki T, Kutsuna N, Okubo E, Sano T, Hasezawa S (2006) Actin microfilaments regulate vacuolar structures and dynamics: dual observation of actin microfilaments and vacuolar membrane in living tobacco BY-2 cells. Plant Cell Physiol 47: 839-852. (Published: 01 Jul 2006) http://doi.org/10.1093/pcp/pcj056
  96. Sano T, Higaki T, Handa K, Kadota Y, Kuchitsu K, Hasezawa S, Hoffmann A, Endter J, Zimmermann U, Hedrich R, Roitsch T (2006) Calcium ions are involved in the delay of plant cell cycle progression by abiotic stresses. FEBS Lett 580: 597-602. (Published: 04 Jan 2006) http://doi.org/10.1016/j.febslet.2005.12.074
  97. Sano T*, Higaki T*, Oda Y, Hayashi T, Hasezawa S (2005) Appearance of actin microfilament ‘twin peaks’ in mitosis and their function in cell plate formation, as visualized in tobacco BY-2 cells expressing GFP-fimbrin. Plant J 44: 595-605. (*equal contribution) (Published: 14 Oct 2005) http://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2005.02558.x

総説論文・プロトコル論文など（Review papers, Protocol papers, or Book chapters）

  1. Nakajima K, Higaki T, Ueda T, Inami M (2023) Gaining new insights in plant biology through human-machine collaboration. Plant Cell Physiol 64: 1257–1261. (Published: 10 Nov 2023) https://doi.org/10.1093/pcp/pcad144
  2. Ichita M, Higaki T (2023) Intracellular trafficking regulation of plasma membrane H+-ATPase and environmental response in plants. Cytologia 88: 169–173. (Published: 27 Sep 2023) https://doi.org/10.1508/cytologia.88.169
  3. Takatsuka H, Higaki T, Ito M (2023) At the nexus between cytoskeleton and vacuole: How plant cytoskeletons govern the dynamics of large vacuoles. Int J Mol Sci 24: 4143. (Published: 18 Feb 2023) https://doi.org/10.3390/ijms24044143
  4. Maeda K, Higaki T (2021) Cell cycle synchronization and time-lapse imaging of cytokinetic tobacco BY-2 cells. Method Mol Biol 2382: 245–252. (Published: 28 Oct 2021) https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1744-1_15
  5. Kikukawa K, Sato R, Iwamoto M, Higaki T (2021) Wide-range segmentation of cotyledon epidermal cells for morphometrical analysis and mechanical simulation. Cytologia 86: 189–194. (Published: 25 Sep 2021) https://doi.org/10.1508/cytologia.86.189
  6. Nakamasu A, Higaki T (2019) Theoretical models for branch formation in plants. J Plant Res 132:325–333. (Published: 19 Apr 2019) https://doi.org/10.1007/s10265-019-01107-9
  7. Higaki T (2017) Quantitative evaluation of cytoskeletal organizations by microscopic image analysis. Plant Morpho 29: 15–21. (J-stage Released: 06 Apr 2018) https://doi.org/10.5685/plmorphol.29.15
  8. Higaki T (2015) Real-time imaging of plant cell surface dynamics with variable-angle epifluorescence microscopy. J Vis Exp 106: e53437. (Published: 12 Dec 2015) http://doi.org/10.3791/53437
  9. Hirakawa Y, Hasezawa S, Higaki T (2015) Vacuole structure analysis during cell death subsequent to application of Erwinia carotovora culture filtrates to cell cultures of Nicotiana tabacum. Bio Protoc 5: e1629. (Published: 20 Oct 2015) http://doi.org/10.21769/BioProtoc.1629
  10. Kurusu T, Higaki T, Kuchitsu K (2015) Programmed cell death in plant immunity: Cellular reorganization, signaling, and cell cycle dependence in cultured cells as a model system. Plant Programmed Cell Death pp77–96. (Published: 08 Oct 2015) https://doi.org/10.1007/978-3-319-21033-9_4
  11. Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S (2014) CARTA-based semi-automatic detection of stomatal regions on an Arabidopsis cotyledon surface. Plant Morph 26: 9–12. (J-stage Released: 21 Apr 2015) https://doi.org/10.5685/plmorphol.26.9
  12. Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S (2012) Probabilistic mapping and image clustering for quantitative assessment of fluorescent protein localizations in Arabidopsis guard cells. Protoc Exch (Posted: 21 May 2012) http://doi.org/10.1038/protex.2012.013
  13. Higaki T, Kurusu T, Hasezawa S, Kuchitsu K (2011) Dynamic intracellular reorganization of cytoskeletons and the vacuole in defense responses and hypersensitive cell death in plants. J Plant Res 124: 315–324. (Published: 16 Mar 2011) http://doi.org/10.1007/s10265-011-0408-z
  14. Higaki T, Kojo KH, Hasezawa S (2010) Critical role of actin bundling in plant cell morphogenesis. Plant Sig Behav 5: 484–488. (Published: 01 May 2010) http://doi.org/10.4161/psb.10947
  15. Oda Y, Higaki T, Hasezawa S, Kutsuna N (2009) New insights into plant vacuolar structure and dynamics. Int Rev Cell Mol Biol 277: 103–135. (Published: 23 Oct 2009) http://doi.org/10.1016/S1937-6448(09)77003-0
  16. Sano T, Tanaka Y, Higaki T, Kutsuna N, Hasezawa S (2008) Dynamics of cytoskeletons and vacuoles in guard cells during stomatal movement. Floriculture, Ornamental and Plant Biotechnology (Global Science Books) Vol. V, 35: 329–333.
  17. Higaki T, Sano T, Hasezawa S (2007) Actin microfilament dynamics and actin side-binding proteins in plants. Curr Opin Plant Biol 10: 549–556. (Published: 01 Nov 2007) https://doi.org/10.1016/j.pbi.2007.08.012.
  18. Sano T, Kutsuna N, Higaki T, Oda Y, Yoneda A, Kumagai-Sano F, Hasezawa S (2007) Cytoskeletal and vacuolar dynamics during plant cell division: Approaches using structure-visualized cells. Cell Division Control in Plants (Plant Cell Monogr (9)), pp125–140. (Published: 18 Dec 2007) https://doi.org/10.1007/7089_2007_125
  19. Yoneda A, Kutsuna N, Higaki T, Oda Y, Sano T, Hasezawa S (2007) Recent progress in living cell imaging of plant cytoskeleton and vacuole using fluorescent protein-transgenic lines and 3-D imaging. Protoplasma 230: 129–139. (Published: 24 Apr 2007) http://doi.org/10.1007/s00709-006-0237-4

和文記事

  1. 吉田 大一、秋田 佳恵、檜垣 匠 (2023) 「機械学習による細胞骨格構造の分類と分析」 細胞 55: 1018-1022
  2. 國田 樹、金城 愛梨、戸田 真志、檜垣 匠 (2021) 「シロイヌナズナ草姿の立体再構成」Plant Morphology 33: 67-69.
  3. 檜垣 匠、岩元明敏 (2021)  「特集「植物の柔軟な形態形成を理解するための計測と理論」 はじめに」Plant Morphology 33: 31-33.
  4. 檜垣 匠、秋田 佳恵 (2020) 「細胞生物学における画像の定量評価と機械学習」 顕微鏡 55: 109-113. https://doi.org/10.11410/kenbikyo.55.3_109
  5. 檜垣 匠 (2020) 「バイオイメージングの近代史」 建築雑誌 135: 11.
  6. 檜垣 匠 (2019) 「気孔画像データベースLIPSの拡充」 植物科学の最前線（BSJ-Review） 10: 78-84. http://doi.org/10.24480/bsj-review.10b5.00158
  7. 檜垣 匠、栗原(大窪) 恵美子 (2019) 「画像解析技術を活用した”観て測る”植物科学」 植物科学の最前線（BSJ-Review） 10: 49-50. http://doi.org/10.24480/bsj-review.10b1.00154
  8. 桧垣 匠、岡部 弘基 (2016) 「生命科学分野の細分化と再編成: バイオイメージングのこれから」 バイオイメージング 25: 7-8.
  9. 馳澤 盛一郎、湖城 恵、秋田 佳恵、桧垣 匠 (2015) 「細胞板形成における細胞骨格機能のイメージング解析」 植物の生長調節 50: 50-56. https://doi.org/10.18978/jscrp.50.1_50
  10. 桧垣 匠 (2014) 「植物の孔辺細胞をモデルとした蛍光タンパク質の統計的局在解析」バイオイメージング 23: 6-10.
  11. 朽名 夏麿、桧垣 匠、馳澤 盛一郎 (2013) 「植物細胞から医用画像解析まで」臨床検査 57:702
  12. 松永 幸大、朽名 夏麿、桧垣 匠、馳澤 盛一郎 (2013) 「生物医学画像の自動分類を可能にした能動学習型ソフトウェアCARTA」情報管理 56:217-221 https://doi.org/10.1241/johokanri.56.217
  13. 桧垣 匠、秋田 佳恵、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎 (2013) 「Walking on leaf: 葉表皮細胞の輪郭抽出と形態計測」バイオイメージング 22: 10-16.
  14. 朽名 夏麿、桧垣 匠、馳澤 盛一郎、松永 幸大 (2012) 「バイオ画像の自動分類のための能動的な学習技術 CARTA 」細胞工学 31: 1372-1373.
  15. 桧垣 匠 (2012) 「福島第一原子力発電所事故に伴うタケ・ササ植物の放射性セシウム汚染」東京大学アイソトープ総合センターニュース 43: 10-14.
  16. 朽名 夏麿、桧垣 匠、馳澤 盛一郎 (2012) 「細胞壁の形成に関わる表層微小管の画像解析とシミュレーション」生物の科学　遺伝 66: 34-39.
  17. 桧垣 匠、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎 (2011) 「顕微鏡画像の定量評価と自動分類から気孔開閉運動の仕組みを探る」生物の科学　遺伝 65: 80-85.
  18. 朽名 夏麿、桧垣 匠 (2008) 「連続共焦点像からの立体再構築: 細胞内構造の解析のために」バイオイメージング 16: 3-7.

著書

  1. 永野 惇、桧垣 匠「PhotoBook植物細胞の知られざる世界」（2010）化学同人

特許

  1. （日本）特許第4688954号,（米国）US 8260063-B2「特徴量選択方法、特徴量選択装置、画像分類方法、画像分類装置、コンピュータプログラム、及び記録媒体」平成20年4月18日出願、平成23年2月25日登録（日本）、平成24年9月4日登録（米国）全発明者氏名：馳澤 盛一郎、朽名 夏麿、桧垣 匠、松永 幸大、内山 進、真庭 理香、アーニ・エグナ・ガンベ、福井 希一
  2. 特開2008-164551「細胞の評価方法、細胞測定用システム、及び細胞測定用プログラム」平成18年12月29日出願、平成 20年07月17日公開 全発明者氏名： 松永 幸大 、内山 進、真庭 理香、アーニ エグナ ガンベ 、福井 希一、馳澤 盛一郎、朽名 夏麿 、桧垣 匠

受賞

  1. 檜垣 匠　令和５年度IROAST研究活動表彰（2024年6月24日）
  2. 檜垣 匠　令和４年度IROAST研究活動表彰（2023年6月23日）
  3. 檜垣 匠　令和３年度IROAST研究活動表彰（2022年6月21日）
  4. 檜垣 匠　令和２年度IROAST研究活動表彰（2021年6月22日）
  5. 檜垣 匠「画像解析技術の援⽤による植物細胞⾻格研究」日本植物生理学会奨励賞（2021年3月15日）
  6. 桧垣 匠「ライブイメージングと顕微鏡画像解析による植物細胞骨格の動態と機能の研究」CYTOLOGIA奨励賞（2020年12月27日）
  7. 檜垣 匠　令和元年度IROAST研究活動表彰（2020年5月28日）
  8. 檜垣 匠　令和元年度熊本大学研究企画表彰（2019年11月25日）
  9. 檜垣 匠　平成30年度IROAST最優秀研究活動表彰（2019年4月18日）
  10. 桧垣 匠「定量的画像解析に基づく植物細胞骨格の研究」日本植物学会奨励賞（2017年4月15日）
  11. 桧垣 匠 “Quantitative cell biology of plant stomata” Young Scientist Travel Award, Bioimaging Society （2017年4月7日）
  12. 桧垣 匠「生細胞イメージングと画像情報処理による細胞骨格・オルガネラの動態解析」日本バイオイメージング学会奨励賞（2013年9月15日）
  13. 桧垣 匠、秋田 佳恵、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎「葉表面の細胞輪郭抽出と細胞間信号伝達系の数値実験」日本バイオイメージング学会ベストイメージ・晝馬賞（2012年8月28日）
  14. 桧垣 匠「アクチン繊維の生体可視化と画像情報処理による細胞形態形成・制御機構の解析」日本植物学会若手奨励賞（2009年5月23日）
  15. 桧垣 匠 “Live cell imaging studies on actin-based plant cell morphogenesis” 東京大学大学院新領域創成科学研究科博士論文特別賞（2009年3月23日）
  16. 桧垣 匠 科学技術振興会(小玉財団) 小玉記念科学賞（2004年3月）

シンポジウムのオーガナイズ

  1. 第46回日本分子生物学会年会シンポジウム「分子情報フローから迫る植物の流体生命システム」, 神戸, 2023年12月
  2. 日本植物学会第84回大会シンポジウム「植物の柔軟な形態変化を理解するための計測と理論」, オンライン（名古屋）, 2020年9月
  3. 日本植物学会第82回大会シンポジウム「“観る”から“観て測る”の植物科学へ：画像解析の基礎から定量フェノタイピングの現場まで」, 広島, 2018年9月
  4. The 1st IROAST Symposium 「Plant Cell and Developmental Biology: Approaches to Multiscale Biosystems」, 熊本, 2017年11月
  5. 第24回日本バイオイメージング学会学術集会シンポジウム「No Division, No Life. ～動物と植物の細胞分裂イメージング最前線～」, 東京, 2015年9月
  6. 第56回日本植物生理学会年会 シンポジウム「植物細胞壁の形成と維持のダイナミズム」, 東京, 2015年3月
  7. 新学術領域研究「植物細胞壁の情報処理システム」主催シンポジウム 文部科学省科学技術週間イベント「寄生・共生インシデント ～異種生物共存の現場で何が起きているか～」, 東京, 2014年4月
  8. 日本植物学会第74回大会シンポジウム「画像情報から植物を定量的に捉える」, 愛知, 2010年9月

招待講演

  1. 「機械学習を援用した植物細胞骨格のイメージング解析」檜垣 匠 第7回植物インフォマティクス研究会年会（オーガナイザー：花田耕介（九州工業大学）） 2024年9月
  2. Quantitative evaluation of cytoskeleton organization using fluorescence microscopic image analysis. Takumi Higaki The 20th International Microscopy Congress (IMC20) September, 2023
  3. 「画像解析に基づく細胞の定量評価と認識」檜垣 匠 日本農薬学会第48回大会シンポジウム「生命科学の新技術に学び、活かす」（共催：農薬バイオサイエンス研究会）（オーガナイザー：太田広人（崇城大学）、伊藤晋作（東京農業大学）） 2023年3月
  4. Three-dimensional scanning approaches for quantitative plant phenotyping. Takumi Higaki 14th IROAST International symposium on “Plant development and biotic interaction” (Organized by Masahiko Furutani) December, 2022
  5. Four-dimensional digital archiving and quantitative evaluation of Arabidopsis architectures. Takumi Higaki International symposium on “Plant-Structure-Optimization” (Organized by Toru Fujiwara, Kiyohiko Igarashi, Misato Ohtani, Lacey Samuels, Shinichiro Sawa) November, 2022
  6. 「植物細胞生物学を起点とした画像の定量評価と機械学習」檜垣 匠 第30回日本バイオイメージング学会記念シンポジウム「バイオイメージングの今、そしてこれから」（オーガナイザー：鈴木 亮（帝京大学）） 2021年9月
  7. Three-dimensional reconstruction of Arabidopsis plant architecture. Takumi Higaki Special Satellite Event “Plant Structure Optimization” in the 7th International Conference of Plant Cell Wall Biology (Organized by Taku Demura (NAIST), Toru Fujiwara (The University of Tokyo)) June, 2021
  8. 「生物画像の定量・分類・認識」檜垣 匠 第67回日本生態学会大会シンポジウム「植物フェノタイピング：表現型データの定量化，モデル化とその自動化をもう一度考える」（オーガナイザー：野下 浩司（九州大学）） 2020年3月
  9. Three-dimensional imaging and morphometry of large vacuole regeneration in plant cultured cells. Takumi Higaki Workshop in the 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan “The vacuole/lysosome; Where does it come from, how is it maintained and what does it do in the cell?”  (Organized by Yui Jin (Tokyo Institute of Technology), Yoko Kimura (Shizuoka University)) December, 2019
  10. 「電子顕微鏡画像解析による生物微細構造の検出と認識」檜垣 匠 公益社団法人日本顕微鏡学会第62回シンポジウム「AIを用いた顕微イメージングの将来～科学技術から物理化学，そして生命科学への貢献～」（実行委員長：秋元 義弘（杏林大学）） 2019年11月
  11. Plasma membrane delivery of H+-ATPse for stomatal response. Takumi Higaki Mechanisms of plant perception –from the endogenous to the exogenous– (Organized by Hardtke Christian (UNIL) September, 2019
  12. Bioimage clustering and classification. Takumi Higaki KAIST-KU Joint Symposium 2018 (Organized by Gou Young Koh (KAIST), Pilhan Kim (KAIST)) October, 2018
  13. Quantification and classification of bioimages. Takumi Higaki The 2nd IROAST&IRCMS Joint Seminar－The 33rd IROAST Seminar (Organized by Jun Ohtani, Hitoshi Takizawa) August, 2018
  14. 「葉表皮細胞のジグゾーパズル型形態形成」桧垣 匠 文部科学省委託事業AIMaP研究会「反応拡散系と実験の融合」 （オーガナイザー：栄伸一郎（北海道大学）、長山雅晴（北海道大学）） 2018年2月
  15. 「画像解析による細胞骨格束化の定量評価」桧垣 匠 先端バイオイメージング支援プラットフォーム 画像解析支援 公開セミナー （オーガナイザー：上野 直人（基礎生物学研究所）） 2018年1月
  16. Mathematical modeling approaches to jigsaw-puzzle pattern formation by plant cells. Takumi Higaki The 1st IROAST Symposium “Plant Cell and Developmental Biology: Approaches to Multiscale Biosystems” (Organized by Mitsuhiro Aida, Takumi Higaki, Takashi Ishida) November, 2017
  17. A strange link between leaves and skulls? A theoretical model of jigsaw-puzzle pattern formation by plant leaf cells. Takumi Higaki International Symposium on Imaging Frontier 2017 (Organized by Imaging Frontier Center (IFC), RIST, Tokyo University of Science) July, 2017
  18. 「細胞動態を理解するための画像解析とモデル解析」桧垣 匠 日本植物学会第80回大会シンポジウム「多様な植物現象を理解するためのイメージング 細胞内構造から環境応答まで 」 （オーガナイザー：金岡 雅浩（名古屋大学）、植田 美那子（名古屋大学））2016年9月
  19. Quantitative cell biology of plant stomata. Takumi Higaki Multi-scale Plant Phenomics (Organized by Dr. Koji Noshita) Sep, 2016
  20. 「細胞生物学が数値解析に見る夢」桧垣 匠 京都大学数理解析研究所研究集会 「現象解明に向けた数値解析学の新展開」（オーガナイザー：齊藤 宣一（東京大学））2015年11月
  21. 「画像解析による生物微細構造の認識」桧垣 匠 第6回 植物電子顕微鏡若手ワークショップ （オーガナイザー：豊岡 公徳（理化学研究所））2015年9月
  22. 「電顕画像における注目構造の自動検索法の開発」桧垣 匠、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎 日本植物学会第77回大会・認定NPO法人綜合画像研究支援主催シンポジウム「新世代の画像情報が切り開く世界」 （オーガナイザー：鮫島 正純（認定NPO法人綜合画像研究支援）、大隅 正子（認定NPO法人綜合画像研究支援、日本女子大学））2013年9月
  23. 「細胞壁と頭蓋骨:パターン形成ダイナミクスの数理モデルによる統合的理解」三浦 岳、桧垣 匠 第46回日本発生生物学会年会 サテライトシンポジウム「植物の逆襲」（オーガナイザー：藤本 仰一（大阪大学）、三浦 岳（九州大学））2013年5月
  24. 「生物医学分野における画像クラスタリング解析の実際」桧垣 匠 バイオインフォマティクスとモデルに関するシンポジウム（オーガナイザー：澤 進一郎（熊本大学））2013年1月
  25. 「ImageJを用いた画像解析入門」朽名 夏麿、桧垣 匠 第167回農林交流センターワークショップ「植物科学・作物育種におけるフェノーム解析 ～だれでも使える画像解析入門から先端技術まで～」（オーガナイザー：土生芳樹（農業生物資源研究所））2012年11月
  26. 「気孔のイメージング解析」 桧垣 匠 新学術領域研究「植物高CO2応答」勉強会「気孔応答」 （オーガナイザー：射場 厚（九州大学））2012年10月
  27. 「可視化と数値実験による細胞外インテリジェント系の機能解析」 桧垣 匠、秋田 佳恵、朽名 夏麿、馳澤 盛一郎 日本植物学会第76回大会シンポジウム「植物の細胞外インテリジェントシステム」 （オーガナイザー：西谷 和彦（東北大学））2012年9月
  28. 「超短パルスレーザー加工による気孔開閉メカニズムの研究」桧垣 匠 第１回グリーンフォトニクスセミナー 超短パルスレーザー細胞プロセス研究会 （オーガナイザー：細川 陽一郎（奈良先端科学技術大学院大学））2012年4月
  29. 「孔辺細胞における細胞骨格動態の定量的イメージング解析」桧垣 匠、朽名 夏麿、佐野 俊夫、近藤 矩朗、馳澤 盛一郎 日本植物学会第72回大会シンポジウム「気孔の生物学」 （オーガナイザー：島崎 研一郎（九州大学））2008年9月

オンライン記事など

  1. 熊本大学ニュース「画像解析で明らかになった植物受精卵の内なる秘密－非対象な細胞分裂の位置の謎に迫る－」2024年1月10日
  2. 熊本大学ニュース「植物の根毛側面に細胞壁成分を輸送する経路を発見 ～根毛はなぜ細長い形を維持できる？～」2023年10月6日
  3. 熊本大学ニュース「植物の細胞と器官の関係を探る理論モデルを構築」2023年9月14日
  4. 熊本大学ニュース「植物が重力方向を感知する仕組みを解明」2023年8月10日
  5. 熊本大学ニュース「がん細胞の集団運動の制御に関わるPacsin 2の機能を解明抗がん剤の新たな分子標的や診断バイオマーカー候補として期待！」2023年6月12日
  6. 熊本大学理学部 Pure Science 第17号 「生命を可視的に捉える」2022年10月30日
  7. 熊本大学ニュース「細胞の骨組みの特徴に基づいたAIによる細胞の自動分類と分析」2022年10月20日
  8. Leica Science Lab「Mapping 4D cell models with VR」8 December 2021
  9. Science Japan「Measuring the shape of the cell wall of plants: utilization of low-cost technology by Kumamoto University」30 November 2021
  10. 熊本大学ニュース「AIを活用した植物細胞形状の追跡計測技術の開発」2021年9月21日
  11. 熊本大学IROASTウェブサイト「IROAST Researchers－檜垣　匠 教授」18 April 2021
  12. EurekAlert! Science News Releases「A highly sensitive technique for measuring the state of a cytoskeleton」14 January 2021（日本語版「細胞の骨組みの状態を高感度に測る技術を開発」）
  13. 熊本大学ニュース「細胞の骨組みの状態を高感度に測る技術を開発」2020年12月21日（英語版「A highly sensitive technique for measuring the state of a cytoskeleton」）
  14. Youtube 先端バイオイメージング支援プラットフォーム（ABiS）生物画像解析のコンサルテーションと技術支援 2020年12月7日
  15. Youtube 熊本大学『フィロソフィアの扉』第31回「国際先端科学技術研究機構」 2020年12月1日
  16. 熊本大学大学院先端科学研究部ニュースレター「森と風」特集教員・檜垣匠 2020年9月1日
  17. EurekAlert! Science News Releases「Actin filaments control the shape of the cell structure that divides plant cells」28 February 2020 （日本語版「植物の細胞分裂の動画解析で新発見」）
  18. 熊本大学ニュース「植物の細胞分裂の動画解析で新発見～細胞の仕切りを生み出す隔膜形成体の形を「アクチン繊維」が制御～」2020年2月7日（英語版「Actin filaments control the shape of the cell structure that divides plant cells」）
  19. 熊本大学ニュース「植物の根毛側面を硬くするしくみの解明に成功～根の毛はなぜまっすぐに伸びる？～」2018年11月5日
  20. Webマガジン 熊大なう 「ダイナミックに活動する植物細胞の世界を映像に捉える研究」2018年6月8日
  21. 東京大学新領域創成科学研究科ニュース「植物の細胞壁が外部刺激に応答する分子機構の一端を解明」2016年12月23日
  22. 東京大学新領域創成科学研究科ニュース「葉っぱと頭蓋骨の意外な関係？　～植物細胞の変形を説明する新理論を確立～」2016年4月7日
  23. 東京大学新領域創成科学研究科ニュース「省力・低コストで電子顕微鏡画像からオルガネラを検出する方法を開発」2015年1月15日
  24. 東京大学新領域創成科学研究科ニュース「単純になるのは何のため？ ～植物病原細菌誘導性細胞死における新たな液胞膜動態を発見～」2015年1月9日
  25. 科学技術振興機構（JST）プレスリリース 多様な生物医学画像を自動分類するソフトウエア「カルタ」の開発に成功 2012年8月
  26. 横河電機ユーザ紹介 桧垣匠 2009年8月

新聞報道など

  1. 2021年10月15日掲載、科学新聞、「植物細胞形状を追跡計測　「AI活用」低コスト技術開発　熊本大など」
  2. 2021年9月27日掲載、日刊工業新聞朝刊、「植物細胞形状を追跡計測　熊本大・東北大　AIで低コスト・高精度」
  3. 2020年12月22日掲載、OPTRONICS ONLINE、「熊本大ら，顕微鏡で細胞骨格を定量評価」
  4. 2020年4月28日掲載、くまもと経済オンライン、「植物の細胞分裂の動画解析で新発見・・・・熊本大学」
  5. 2018年8月17日掲載、熊本日日新聞、「植物の生命活動　可視化」
  6. 2016年11月22日掲載、朝日新聞朝刊、「花・葉は上に　根は下に ? どうやって？ 受精卵のたんぱく質２種を観察」
  7. 2016年11月22日掲載、中日新聞朝刊、「植物受精卵　細胞分裂の仕組み確認　名大グループ」
  8. 2013年8月1日掲載、朝日新聞朝刊、「光合成フル回転 成長３割増　九大など成功　バイオ燃料増産に期待」
  9. 2012年9月7日掲載、科学新聞朝刊、「生物医学画像を自動分類　画像診断・高速・省力化に貢献」
  10. 2012年8月30日掲載、マイナビニュース、「JSTや東大など、生物医学画像を自動分類するソフトウェア「カルタ」を開発」
  11. 2012年8月29日掲載、朝日新聞デジタル版、「がん細胞の種類を画像から自動分できるソフトを開発」
  12. 2012年8月29日掲載、日経バイオテクOnline、「東京理科大と東大、国立がん研セが生物医学画像を自動分類する「カルタ」を開発、Nature姉妹紙に発表」
  13. 2012年8月29日掲載、日経バイオテク重要ニュース、「生物医学画像を自動分類する「カルタ」を開発、Nature姉妹紙に発表」
  14. 2012年8月29日掲載、日経産業新聞朝刊、「がん細胞の種類を画像から自動分類」
  15. 2012年8月29日掲載、日刊工業新聞朝刊、「大量画像を自動分類」

アウトリーチなど

  1. 第７回熊本大学IROASTシンポジウム ウェルビーイング社会の構築を目指す理工系最先端研究 「生物のさまざまな特徴を捉える画像解析技術の開発」檜垣匠 熊本大学黒髪キャンパス/Zoom ハイブリッド開催 2021年11月22日
  2. 令和元年度 科学研究費助成事業（影句研究費補助金）（研究成果公開促進費）ひらめき☆ときめきサイエンス～ようこそ大学の研究室へ～「葉っぱの表面はジグゾーパズル？植物細胞が織り成すデザインについて考えよう」2019年8月3日
  3. 日本バイオイメージング学会公開講座「葉っぱと頭蓋骨の意外な関係」桧垣 匠 東京都八王子市生涯学習センター 2017年9月18日
  4. 東京大学柏図書館 第15回サイエンスカフェ「植物細胞壁研究の今 ～壁ってかたい？やわらかい？」 桧垣 匠 東京大学柏図書館 2017年6月23日
  5. 科学技術館 サイエンス友の会 実験教室「葉っぱの赤ちゃんから大人まで」 桧垣 匠、工藤 光子 科学技術館 2015年5月10, 24日
  6. PhotoGallery植物細胞の知られざる世界 サイエンティストトーク 永野 惇、桧垣 匠 名古屋大学教養教育院プロジェクトギャラリー「clas」 2010年7月26日
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